Post LSE-forum (Wilson63) mbt analyse van nieuwste testproduct van Novacyt, de SNPsig.
Sinds de laatste RNS heb ik me echter afgevraagd hoe SNPsig daadwerkelijk zal werken en naast wat er momenteel gebeurt. Op zoek naar mogelijke nieuwe varianten van het virus begrijp ik dat de Britse overheid (Cog UK) momenteel een willekeurige steekproef (ongeveer één op de tien) neemt van positieve PCR-tests om hierop een volledige genomische sequentiebepaling uit te voeren. Deze wordt vergeleken met wat er in de database staat om na te gaan welke stam of afstamming het virus is en om te zien of er een mutatie heeft plaatsgevonden. Dit duurt ongeveer twee weken.
De nieuwe Novacyt-test (SNPsig) zal dit niet doen. Wat deze test doet, is vergelijkbaar met de WinterPlex (die u vertelt of u Covid19, Flu A, Flu B of RSA heeft), het zal aangeven of het de Kent-, SA- of Braziliaanse variant betreft. Het kan alleen aangeven of je een variant hebt die al bekend is en in de test is opgenomen (ze hebben gezegd dat ze varianten zullen toevoegen zodra ze bekend worden). Dus ik neem aan dat het resultaat terug kan komen als bijvoorbeeld A: negatief (je hebt geen Covid), B: Kent, C: SA, D: Braziliaans en E: Onbekend
Dit laatste is cruciaal. Als het in staat is om dit te doen (positief maar onbekend), en ik zie de reden waarom het niet zou moeten (aangezien de huidige test Covid-positief oppikt zonder je te kunnen vertellen welke variant), is dit een goed idee. Elke test die E (onbekend) laat zien, wordt vervolgens naar Cog UK gestuurd voor volledige sequentiebepaling.
Als dit inderdaad het geval is, zal dit absoluut enorm zijn voor Novacyt - in plaats van willekeurig 10% te testen, zal CogUK alleen degenen testen die SNPsig als onbekend bestempelt. Op die manier zal elke afzonderlijke PCR-test die wordt uitgevoerd met SNPsig (in plaats van huidige / standaard RT-PCR-tests) laten zien welke variant en alle onbekenden op de juiste manier worden gesequenced voor verdere mutaties. CogUk zal niet een hele reeks tests willekeurig sequencen die dat niet hoeven te zijn, omdat ze al bekend en geïdentificeerd zullen zijn door SNPsig; regeringen en wetenschappers zullen de verspreiding van elke mutatie kunnen volgen; en op deze manier kan Cog UK zich concentreren op het sequencen van alleen onbekende tests in plaats van willekeurig te selecteren